一、定義不同
選擇培養基是指一類根據特定微生物的特殊營養要求或其對某理化因素抗性的原理而設計的培養基。是用來從很含有少量其他微生物選出所需微生物。
鑒別培養基是鑒別是不是含有這種微生物，是指一類在成分中加有能與目的菌的無色代謝產物發生顯色反應的指示劑，從而達到隻須用肉眼辨別顏色就能方便地從近似菌落中找到目的菌菌落的培養基。
二、用途不同
選擇培養基用於抑製大多數其他微生物的生長，或者造成有利於該菌生長的環境，一段時培養間後使得該菌成為優勢菌。
鑒別性培養基用於鑒定不同微生物。
這兩個概念是有交叉的，不能徹底分開。
選擇培養基是在培養基中加入某種化學物質，使之抑製某些細菌生長，而利於另一些細菌的生長，從而使後者從含有雜菌的標本中分離出。鑒別培養基主要用於分離並區分不同的細菌。
如副溶血弧菌常用的高鹽培養基，可以抑製某些細菌的生長從而將其篩選出來，是選擇培養基，但也可以用它來區別細菌對鹽的耐受性而鑒別細菌。
